การรักษาด้วยการฝังรากฟันเทียม มีข้อจำกัดในการรักษาค่อนข้างมาก และไม่สามารถทำการรักษาด้วยวิธีดังกล่าวได้ทุกคน ด้วยผู้เข้ารับการรักษาที่มีโรคประจำตัวเช่น โรคเบาหวานที่มีความรุนแรง โรคกระดูกพรุน หรือโรคที่มีความบกพร่องทางพันธุกรรม ซึ่งผู้เข้ารับการรักษาที่เป็นโรคเหล่านี้ จะไม่สามารถเข้ารับการรักษาด้วยการผ่าตัดฝังรากฟันเทียมได้ การฝังรากฟันเทียม เป็นการรักษาทางทันตกรรมที่ใช้ทดแทนการสูญเสียฟันธรรมชาติไป ซึ่งการฝังรากฟันเทียมจะต้องมีการผ่าตัดเพื่อทำการฝังรากฟันเทียมไว้บนกระดูกขากรรไกร ที่จะใช้เพื่อรองรับรากฟันเทียม โดยที่ทันตแพทย์จะทำการพิจารณาช่องปากของผู้ที่เข้ารับการรักษาว่ามีความพร้อมมากน้อยแค่ไหน ซึ่งการฝังรากฟันเทียมจะพิจารณาบริเวณใกล้เคียงที่จะทำการฝังรากฟันเทียม สภาพเหงือก และที่สำคัญความหนาแน่น ความแข็งแรงของกระดูกที่จะใช้เพื่อรองรับรากฟันเทียมที่จะต้องมีความหนาความแข๊งแรงมั่นคงมากพอที่จะสามารถรองรากฟันเทียมได้ หากกระดูกรองรับฟันมีความไม่แข็งแรง ทันตแพทย์จะทำการปลูกกระดูกฟัน เพื่อให้มีความหนาแน่นเพียงพอต่อการใช้รองรับรากฟันเทียม เพราะไม่อย่างนั้นหากทำการฝังรากฟันเทียมลงไป โดยที่มีกระดูกที่ไม่พร้อม อาจจะทำให้การรักษาล้มเหลวได้

เพราะฉะนั้นการรักษาด้วยการผ่าตัดฝังรากฟันเทียม ถึงแม้ว่าจะเป็นที่นิยมของผู้ที่ต้องการที่จะกลับมามีฟันที่เรียงตัวกันอย่างสวยงาม และอยากมีฟันที่แข็งแรงสามารถใช้งานได้เป็นปกติ แต่การฝังรากฟันเทียมก็มีความเสี่ยงอยู่ไม่น้อย เพราะการฝังรากฟันเทียม จะต้องทำการผ่าตัดเพื่อทำการฝังรากฟันเทียมลงไปบนกระดูก ซึ่งอาจจะส่งผลให้เกิดการอักเสบหรือติดเชื้อได้ง่าย หากผู้เข้ารับการรักษาไม่ปฏิบัติตัวตามคำแนะนำของทันตแพทย์ผู้ทำการรักษา สำหรับความเสี่ยงและผลข้างเคียงของการรักษาด้วยการฝังรากฟันเทียม ที่หลีกเลี่ยงไม่ได้เลยคือบาดแผลจากการผ่าตัด ซึ่งอาจจะทำให้เกิดอาการปวดของบาดแผลได้ รวมไปถึงอาจจะทำให้เลือดไหลไม่หยุด และอาจจะเสี่ยงต่อการอักเสบและติดเชื้อได้ หากมีอาการดังกล่าวที่ผิดปกติ ผู้เข้ารับการรักษาจะต้องทำการปรึกษาทันตแพทย์เพื่อเข้ารับการแก้ไขอย่างเร็วที่สุด ต่อมาอาการบวมช้ำหรือจ้ำเลือดภายหลังจากการผ่าตัด ซึ่งอาการบวมถือเป็นเรื่องที่ปกติมาก สำหรับการผ่าตัดไม่ว่าจะเป็นในรูปแบบใด แต่หากอาการบวมช้ำ เมื่อผ่านไปสักระยะกลับไม่ดีขึ้น จะต้องเข้ารับการตรวจเพื่อแก้ไขปัญหา นอกจากนี้ความเสี่ยงในเรื่องของการติดเชื้อบริเวณบาดแผล เนื่องด้วยการฝังรากฟันเทียม เป็นการผ่าตัดที่มียาดแผลอยู่ภายในช่องปาก ซึ่งอาจจะทำให้เกิดการติดเชื้อได้ง่าย ดังนั้นผู้เข้ารับการรักษาจะต้องดูแลรักษาทำความสะอาดบาดแผลอย่างดีที่สุด

นอกจากนี้การอักเสบติดเชื้อ หรืออาการต่างๆที่เป็นความเสี่ยงหรือผลข้างเคียงภายหลังจากที่เข้ารับการผ่าตัดฝังรากฟันเทียมแล้ว การหลุดหลวมของรากฟันเทียมที่ทันตแพทย์ได้ทำการใส่ภายหลังจากที่ทำการผ่าตัด ก็ถือว่าสำคัญมาก เพราะนั่นจะแสดงให้เห็นว่าการรักษาไม่เป็นไปตามแผนที่ได้กำหนดไว้ หากรากฟันเทียมเกิดการหลุดออกจากกระดูกที่ใช้รองรับรากฟันเทียม ก็จะถือว่า การรักษาเกิดการล้มเหลว ซึ่งจะนำไปสู่การแก้ไขที่ยุ่งยากซับซ้อน ทันตแพทย์จะทำการฝังรากฟันเทียมใหม่ให้ เพราะการที่รากฟันเทียมเกิดหลุดนั้น เป็นปัญหาที่ยากจะแก้ไข วิธีเดียวที่จะสามารถแก้ไขได้คือ การฝังรากฟันเทียมใหม่ ซึ่งก็จะทำให้เสียเวลา เสียค่าใช้จ่ายเพิ่มโดยที่ไม่จำเป็น เพราะฉะนั้นผู้เข้ารับการรักษาสามารถลดหรือป้องกันความเสี่ยงที่จะเกิดขึ้นภายหลังจากการรักษาด้วยการผ่าตัดฝังรากฟันเทียมได้ โดยการดูแลเอาใจใส่ในเรื่องของความสะอาด พฤติกรรมการใช้งานช่องปาก หรือปฏิบัตตามคำแนะนำของทันตแพทย์ เพียงเท่านี้ ความเสี่ยงข้างต้นที่กล่าวมา ก็จะลดลงได้